Насколько я понимаю (возможно, упрощенно), один раз настроить проще IIS - все графически и приятно глазу. Но вот когда возникает задача "а создай-ка ты мне, батенька, такой же IIS на другой машине", вот тут начинаются вилы в виде admin templates, ps1 скриптов и прочей нечисти, в то время как апачу достаточно скопировать каталог conf.

Но я не админ, могу не знать современного состояния дел.